バイオ解析チーム

チームヘッド

堂前 直

  • Naoshi Dohmae
  • 博士（学術）
  • 堂前 直
  • 略歴
    1993
    埼玉大学大学院理工学研究科 博士課程修了
    1993
    理化学研究所 生体分子解析室 技師
    2003
    同 バイオ解析チーム チームリーダー
    2006
    埼玉大学大学院理工学研究科 連携准教授（現職）
    2007
    理化学研究所 ナノタンパク質科学サブチーム サブチームリーダー
    2008
    同 バイオ解析チーム チームヘッド（現職）

研究概要

バイオ解析チーム

タンパク質は生命活動の中心となる分子であり、我々はこの構造を調べることで遺伝子と機能の相関を解明することを目的としている。最新のプロテオミクス技術の中でも特に翻訳後修飾解析に力を入れて開発を行っている。一般のLC-MS/MSベースのプロテオミクスでは、配列カバー率が低く翻訳後修飾を見逃している場合が多い。我々は、タンパク質全体の質量分析、カバー率を向上させたLC-MS/MS分析、アミノ酸組成分析を組み合わせることで、見落としの少ない翻訳後修飾解析を行う方法を確立した。さらに、播磨SPring-8を用いたタンパク質X線結晶解析の支援をしている。また、近年機能が注目されているRNA分子にも質量分析による構造解析を広げ、検索エンジンAriadneの開発を行った。

最近の研究成果

Ariadne: RNA同定のための質量分析検索エンジン
図1 Ariadne: RNA同定のための質量分析検索エンジン

主要論文

  1. H. Nakayama, N. Takahashi, T. Isobe, Informatics for mass spectrometry-based RNA analysis, Mass Spectrom Rev. 2011, 30, 1000.
  2. H. Nishimasu, S. Okudaira, K. Hama, E. Mihara, N. Dohmae, A. Inoue, R. Ishitani, J. Takagi, J. Aoki,O. Nureki, Crystal structure of autotaxin and insight into GPCR activation by lipid mediators, Nat Struct Mol Biol. 2011, 18, 205.
  3. A. Masuda, N. Dohmae, Automated Protein Hydrolysis Delivering Sample to a Solid Acid Catalyst for Amino Acid Analysis, Anal Chem. 2010, 82, 8939.
  4. T. Tsukazaki, H. Mori, S. Fukai, R. Ishitani, T. Mori, N. Dohmae, A. Perederina, Y. Sugita, DG. Vassylyev, K. Ito, O. Nureki, Conformational transition of Sec machinery inferred from bacterial SecYE structures, Nature 2008, 455, 988.
  5. M. Kawatani, H. Okumura, K. Honda, N. Kanoh, M. Muroi, N. Dohmae, M. Takami, M. Kitagawa, Y. Futamura, M. Imoto, H. Osada, The identification of an osteoclastogenesis inhibitor through the inhibition of glyoxalase I, Proc Natl Acad Sci USA. 2008, 105, 11691.
  6. Y. Ito, I. Nakanomyo, H. Motose, K. Iwamoto, S. Sawa, N. Dohmae, H. Fukuda, Dodeca-CLE peptides as suppressors of plant stem cell differentiation, Science 2006, 313, 842.
  7. H. Kaku, Y. Nishizawa, N. Ishii-Minami, C. Akimoto-Tomiyama, N. Dohmae, K. Takio, E. Minami, N. Shibuya, Plant cells recognize chitin fragments for defense signaling through a novel plasma membrane receptor, Proc Natl Acad Sci USA. 2006, 103, 11086.
  8. M. Umezu-Goto, Y. Kishi, A. Taira, K. Hama, N. Dohmae, K. Takio, T. Yamori, GB. Mills, K. Inoue, J. Aoki, H. Arai, Autotaxin has lysophospholipase D activity leading to tumor cell growth and motility by lysophosphatidic acid production, J Cell Biol. 2002, 158, 227.
  9. H. Fujiwara, M. Hasegawa, N. Dohmae, A. Kawashima, EM. asliah, MS. Goldberg, J. Shen, K. Takio, T. Iwatsubo, alpha-Synuclein is phosphorylated in synucleinopathy lesions, Nat Cell Biol. 2002, 4 160.
  10. C. Masutani, R. Kusumoto, A. Yamada, N. Dohmae, M. Yokoi, M. Yuasa, M. Araki, S. Iwai, K. Takio, F. Hanaoka, The XPV (xeroderma pigmentosum variant) gene encodes human DNA polymerase eta, Nature 1999, 399, 700.

主要メンバー

主宰者 add delete
堂前 直 Naoshi Dohmae チームヘッド    
スタッフ研究員 add delete
森島 信裕 Nobuhiro Morishima 専任研究員（中野生体膜研究室 専任研究員）    
宮武 秀行 Hideyuki Miyatake 専任研究員 　  
中山 洋 Hiroshi Nakayama 専任研究員 　  
渡邊 剛 Kowashi Watanabe 専任技師 　  
鈴木 健裕 Takehiro Suzuki 技師 　  
ポスドク add delete
益田 晶子 Akiko Masuda 協力研究員    
学生・研究生 add delete
技術系アシスタント add delete
秋山 美沙紀 Misaki Akiyama テクニカルスタッフⅠ    
小池 仁美 Masami Koike テクニカルスタッフⅡ    
事務系アシスタント add delete
客員研究員・客員技師 add delete
その他のスタッフ add delete

（）は理研内本務先。

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