基幹研究所では、約700名の常勤研究者が研究を行っています。これは理化学研究所の常勤研究者の約24%を占めており、理化学研究所の中でも最大の組織です。客員研究員・アシスタント・学生等を含めると、約2000名が基幹研究所で研究を行っています。