基幹研究所の予算は、国から交付される運営費交付金と、科学研究費補助金などの外部研究資金で構成されています。運営費交付金が約67億円(2011年度)であるのに対し、外部研究資金は約50億円(2010年度実績)と、 基幹研究所予算の大きな割合を占めています。研究者の自由な発想に基づく研究は、主にこの外部研究資金によって行われています。